Con el propósito de nutrirse del oro Quimbaya, el mariscal de campo Jorge Robledo funda el 9 de agosto de 1540 Cartago, donde hoy se encuentra la ciudad de Pereira; bautizada así porque el grueso de hombres que acompañó al Mariscal provenía de Cartagena de Indias. El 21 de abril de 1691 Cartago fue trasladada al sitio que ocupa actualmente sobre la margen izquierda del río La Vieja. Una versión señala que la reubicación se debió al contínuo asedio de los indígenas pijaos y otra, por razones de conveniencia económica.

Entre 1816 y 1819 don José Francisco Pereira y su hermano Manuel, hallaron en estos pasajes, refugio seguro, poniéndose a salvo de una avanzada del ejército español, luego de que las huestes patriotas fueran derrotadas en Cachiri (Santander), donde Francisco Pereira estuvo involucrado. Aquí construyó un tosco rancho pajizo que le servía de albergue y estudió el bosque secular que cubria la colina que separa las aguas del Otún y el Consota.

El 24 de agosto de 1863, cuatro días después de la muerte de don Francisco Pereira Martínez, el Pbro. Remigio Antonio Cañarte encabezó la caravana fundadora que desde Cartago marchó a éstas tierras cumpliendo así la voluntad de Pereira Martínez, quien en sus últimos años quiso que aquí se estableciera una ciudad. Seis días después se celebra la Misa de fundación y se protocoliza el establecimiento de la Villa de Pereira, en la esquina de la calle 19 con carrera octava, en la Plaza de Boíivar.

En sus comienzos la aldea comprendia seis manzanas y unas setenta casas dispersas entre Egoya y el Otún; levantadas en guadua, baharaque y techo pajizo. No fue precisamente un lugar despoblado que encontró el Padre Cañarte y sus cofundadores, al contrario, un grupo de colonos ya se había establecido aquí, porque justamente don Francisco Pereira, cartagûeño, ilustre abogado, naturalista y procer de la independencia, perfilaba su potencial de convergencia y dispersión de mercaderias en la ruta hacia Antioquia, Valle y el centro del país. El 25 de abril de 1870 se oficializó por medio de Ley de la República el establecimiento de la Villa de Pereira.